Arhibīskaps Jānis vīrišķīgi stājās pretī visām nedienām un likstām, kuras gāzās pār viņu. Tomēr viņa veselību sabeidza pārmērīgi smagie pūliņi un grūtie dzīves apstākļi. Ciešot miesas kaites, viņam nācās pārcelties uz arhiereja vasarnīcu pie Ķīšezera - savas mocekļa nāves vietu.

Paļaujoties uz Kungu, Valdnieks bez apsardzes dzīvoja vasarnīcā, kura atradās neapdzīvotā vietā. Viņam patika vientulība. Šeit viņa dvēsele atpūtās no pasaulīgās kņadas. Brīvo laiku valdnieks pavadīja lūgšanās, strādāja dārzā, veica galdnieka darbus uz ēvelsola, uz kura vēlāk mocītāji viņu nežēlīgi spīdzināja.

Augšupceļš uz debesu Jeruzalemi turpinājās, un lielākā daļa jau bija noieta.

Par svētā mocekļa nāvi 1934. gada 12. oktobrī – naktī no ceturtdienas uz piektdienu - pavēstīja ugunsgrēks arhiereja vasarnīcā.

Neviens nezina, kas un kādā veidā spīdzināja Valdnieku. Taču šīs mokas bija nežēlīgas. Arhibīskapu piesēja pie durvīm, kuras tika izņemtas no eņģēm, tad uz ēvelsola briesmīgi mocīja. Viss liecināja – svētā kājas dedzināja ar uguni, uz viņu izšāva no revolvera un dzīvu dedzināja.

Uz arhibīskapa Jāņa bērēm atnāca ikviens, kas varēja. Katedrālē visi nesatilpa. Milzum daudz tautas stāvēja gar ielām, pa kurām bija jānes svētkalpotāja – mocekļa atliekas.

Jau svētā bērēs notika pirmais brīnums.

Dievbijīgais Dieva kalps M. Dobrotvorskis redzēja brīnumainu parādību. “Lūdzot par aizmigušo un noliekot vainagu pie zārka galvgaļa, es un mani kolēģi ieņēmām vietas katedrāles kreisajā pusē pie arkas. Jau ritēja dvēseles aizlūguma dievkalpojums, taču delegācijas aizvien nāca un nāca… Radio skaļrunis katedrāles ārpusē laiku pa laikam ziņoja par to, kā virzās Arhibīskapa nogalināšanas izmeklēšana, tādēļ tikko pienākušās delegācijas stāstīja mums pēdējos jaunumus. Es nevilšus ieklausījos viņu čukstos, cerot uzzināt slepkavības noslēpumu. Tad pēkšņi, ieklausoties kārtējos jaunumos, pār mani pārskrēja it kā trīsas. Pagriezis galvu pa labi, ieraudzīju pie zārka ar Arhibīskapa atliekām, labajā pusē viņu pašu stāvam pilnā ietērpā uz katedras, ar seju pret altāri lūdzam Dievu. Viņa labajā rokā šūpojās kvēpināmais, un līdz ar Valdnieka roku kustībām bija dzirdamas it kā sakosa zvaniņu skaņas. Ievēroju – mitra un tērps bija tādā pašā krāsā kā ietērps zārkā. Ap katedru stāvēja dievlūdzēji laicīgās drēbēs, taču viņu sejas nepazinu. Cik ilgi turpinājās šī parādība – nevaru pateikt, taču domāju, ka tikai dažas sekundes. To laikā jutu, ka man ir kontakts ar Arhibīskapu, un es zināju – tā nav manu domu projekcija, nedz arī halucinācija, tas ir kaut kas ārpus manis, nevis es, kas lika pievērst sev uzmanību, atraujot mani no ārpasaules un paverot man aizpasaules priekškaru… Mani pārņēma miers, īstens garīgs prieks un apmierinājums par Arhibīskapa likteni. Kad parādība izzuda, es pasaucu kolēģus Čerņecki un Magnusu un pastāstīju par redzēto parādību. Taču uz manu jautājumu – vai viņi nav redzējuši Arhibīskapu, abi atbildēja noliedzoši, tomēr abi apstiprināja, ka ievērojuši manu skatienu, vērstu sānis, kurš viņiem licies savāds.”

Cita parādība 50. gadu beigās atklājās cilvēkam, kurš vēlējās palikt nepazīstams. Viņš redzēja valdnieku Jāni vecā, nodilušā, apsūnojušā ietērpā, taču citādi tādu pašu, kāds viņš bija mūža pēdējos gados: ar pirmo sirmumu kuplajos matos un bārdā un ar pirmajām dziļajām grumbām sejā. Ietērps tik sens, ka nemaz nav iespējams pateikt, kādā krāsā – tāds brūni zaļgans ar pilnīgi apsūbējušu zeltu. Taču, lūk, Valdnieks pagriežas ar muguru, un ir redzams – Arhibīskapa omofors sāk kļūt nedaudz gaišāks. Vispirms tajā sāk zibēt dzirkstelītes, tad tās saplūst spirālēs, tad izplūst plankumos, kuri palielinās, izplešas plašumā, tā, ka viss apmetnis sāk zaigot tik apžilbinošā, tādā ne šīszemes gaismā, bet Dievmātes seja tajā izceļas, iezīmējas tik reljefi, tik spilgti un tik košā mirdzumā, ka nākas aizmiegt acis. Te Valdnieks atkal pagriežas ar seju, un tagad redzams, ka omofors izgaismojies arī priekšpusē, un tikai pārējais tērps vēl tumšs, tādēļ kontrastējot liekas gluži melns. Un Valdnieks bilst: “Tu arvien gribi, lai es tērptos jaunā ietērpā, bet man arī šis ir labs!” Šī parādība ilga vienu minūti…

Svētā vīra piemiņu glabāja pareizticīgo sirdis, un nekas, pat bailes no vajāšanām, nespēja to izdzēst.

Daudzus gadu desmitus Dievmātes Patvēruma kapos Rīgā pie svētkalpotāja-mocekļa bija svaigi ziedi, sveces, dievlūdzēji. Ir zināmi fakti, kad pēc svētā Latvijas zemes priekšstāvja lūgšanām cilvēki tika izdziedināti un saņēma Dieva palīdzību.

2001. gada 24. septembrī pēc Latvijas Pareizticīgās Baznīcas Koncila darba noslēgšanas Vissvētās Dievadzemdētājas Patvēruma dievnamā, kā arī svētnieka Jāņa (Pommera) kapelā Pokrova kapos daudzu dievlūdzēju klātbūtnē notika parastass, panihida un litija.

Nākamajā dienā, 25. septembrī Pokrova kapos kapelā notika panihida un pēc tam krusta gājiens pa pilsētas ielām aiznesa šķirstu ar svēto pīšļu daļu uz Rīgas Kristus Piedzimšanas katedrāli. Krusta gājienā piedalījās Latvijas garīdzniecība, Rīgas Svētās Trijādības Sergija sieviešu klostera māsas un vairāk nekā trīs tūkstoši dievlūdzēju.

Un mēs sauksim tā: “Svētais svētmocekli, tēvs Jāni, lūdz Dievu par mums. Āmen.”